Mayroong maraming iba't ibang mga batik na maaaring magamit upang mailarawan at kuhanin ang DNA matapos ang materyal ay pinaghiwalay ng gel electrophoresis. Kabilang sa maraming mga pagpipilian, ang limang mga strains na ito ay ang pinaka-karaniwang nagsisimula sa Ethidium bromide, na kung saan ay ang pinaka-malawak na ginagamit. Kapag nagtatrabaho sa prosesong ito, mahalaga na hindi lamang malaman ang mga pagkakaiba sa pagitan ng mga strain ngunit ang mga likas na panganib sa kalusugan.
01 Ethidium Bromide
Ang etidium bromide ay malamang na ang pinaka-kilalang dye na ginagamit para sa pagtingin sa DNA. Ang dye na ito ay maaaring gamitin sa gel na halo, sa buffer ng electrophoresis o upang makain ang gel pagkatapos ito ay tumakbo. Ang mga molecule ng dye ay sumunod sa mga hibla ng DNA at fluoresce sa ilalim ng UV light, na nagpapakita sa iyo nang eksakto kung saan ang mga banda ay nasa loob ng gel. Sa kabila ng kalamangan nito, ang downside ay ang ethidium bromide ay isang potensyal na pukawin ang kanser, kaya dapat itong mahawakan nang may mahusay na pangangalaga. Dahil sa mga posibleng panganib sa kalusugan ng pagtatrabaho sa gel na ito, natagpuan ang mga alternatibo. 02 SYBR Gold
SYBR Ang gintong pangulay ay maaaring magamit upang makain ang double o single-stranded DNA, o upang makain RNA. Ang SYBR Gold ay isa sa mga unang alternatibo sa ethidium bromide upang matumbok ang merkado at ito ay itinuturing na mas sensitibo kaysa sa ethidium bromide. Ang dye ay nagpapakita ng 1000-fold na mas UV fluorescence sa sandaling ito ay nakasalalay sa nucleic acids. Pagkatapos ay susurin nito ang makapal at mataas na porsyentong agarose gel at maaaring magamit sa mga pormaldehiyong gels. Dahil ang pag-ilaw ng walang hangganang molekula ay napakababa, hindi kinakailangan ang destaining. May mga Molecular Probes na may lisensya din (mula noong ilunsad ang SYBR Gold) na binuo at pinapalakad ang SYBR Safe at SYBR Green na mas ligtas na mga alternatibo sa ethidium bromide.
03 SYBR Green
Ang SYBR Green I at II stains (muli, ibinebenta ng Molecular Probes) ay na-optimize para sa iba't ibang mga layunin. Dahil nakagapos sila sa DNA, itinuturing pa rin silang mga potensyal na mutagens at dahil dito, dapat silang hawakan ng pag-aalaga. Ang SYBR Green I ay mas sensitibo para sa paggamit ng double-stranded DNA, habang ang SYBR Green II, sa kabilang banda, ay pinakamahusay para sa paggamit ng single-stranded DNA o RNA. Tulad ng sikat na mantsang Ethidium Bromide, ang mga sensitibong fluoresce na ito sa ilalim ng UV light. 04 SYBR Safe
Idinisenyo ang SYBR Safe upang maging mas ligtas na alternatibo sa Ethidium Bromide at iba pang mga stain SYBR. Hindi ito itinuturing na isang mapanganib na basura at sa pangkalahatan ay itapon sa pamamagitan ng mga regular na sistema ng alkantarilya (ie pababa), dahil ang pagsusuri sa toxicity ay nagpapahiwatig na walang matinding toxicity. Ipinakikita din ng pagsusulit na mayroong maliit o walang genotoxicity sa Syrian Hamster Embryo (SHE) cells, lymphocytes ng tao, mga selula ng lymphoma ng mouse, at sa AMES test. Ang mantsa ay maaaring gamitin sa isang asul-ilaw na transilluminator na nagiging sanhi ng mas kaunting pinsala sa DNA na nakikita at nag-aalok ng mas mahusay na kahusayan para sa pag-clone sa ibang pagkakataon. 05 Eva Green
Ang Eva Green ay isang berdeng fluorescent na pangulay na natagpuan na pumipigil sa PCR sa isang mas maliit na lawak kaysa sa iba pang mga tina. Ginagawa nitong napakahalaga para sa mga application tulad ng dami ng real-time na PCR. Ito ay isang mahusay na pagpipilian kung gumagamit ka ng mga gels na may mababang pagtunaw para sa pagkuha ng DNA. Ito ay napaka-matatag sa mataas na temperatura at may napakababang pag-ilaw sa kanyang sarili, ngunit ito ay lubos na fluorescent kapag nakatali sa DNA. Nagpakita rin si Eva Green ng napakababa o walang cytotoxicity o mutagenicity.